Во сливното подрачје на Охридското Езеро се наоѓаат две пречистителни станици. Околу 44.000 жители не се поврзани на канализациона мрежа , вклучувајќи неколку поголеми села лоцирани на брегот на Езерото. Нивните отпадни води се вливаат директно или индиректно во Езерото. Пречистената вода од системот за заштита на Езерото се испушта во реката Црн Дрим, која истекува од Езерото.

Отпадните води во градовите се собираат во секундарниот колекторски ситем, кој е посебен канализационен систем. Работата на секундарните колекторски системи е во надлежност на јавни водоводни претпријатија. Од 1988 година, секундарните колекторски системи, ја пренасочуваат собраната отпадна вода во примарниот колекторски систем. Некои делови од Охрид и натаму не се поврзани со примарниот колектор заради недостаток на финансиски средства за изградба на целосен секундарен систем. Во примарниот колекторски систем водата се пумпа до пречистителната станица во близина на селото Враништа (кај Струга) преку пумпни станици.

Моментално околу 20.000 жители од Охрид и околу 14.000 жители од Струга се поврзани на пречистителната станица во Враништа. Пречистителната станица е предвидена за пречистување на отпадни води од 120.000 жители. Во моментов две третини од капацитетот на станицата се користи во време на туристичката сезона и само една третина во останатиот дел од годината.

Хотелите на брегот од Охридското Езеро, кои не се поврзани со канализациониот систем, имаат свој капацитети за преелиминарно пречистување.

Во Албанија не постојат пречистителни станици. Долж брегот само градот Поградец има колекторски систем за отпадна вода за околу 30-40% од своите жители. На целиот систем му недостасува одржување и е во лоша состојба. Во подрачјето кое не е поврзано со колекторски систем се користи инфилтрација во земјата или пак во водите на реките кои се вливаат во езерото. На тој начин, отпадните води од околу 36.000 жители од албанска страна директно или индиректно се влеваат во Езерото.

Во последниве неколку години Охридското Езеро е под интензивна обсервација во смисла на инвестирање за негова заштита. За таа цел од страна на Светската Банка е прифатен и одобрен за финасирање Проект за заштита на Езерото, во кој се вклучени и македонската и албанската страна.